The COVID-19 pandemic has the potential to affect the human microbiome in infected and uninfected individuals, having a substantial impact on human health over the long term. This pandemic intersects with a decades-long decline in microbial diversity and ancestral microbes due to hygiene, antibiotics, and urban living (the hygiene hypothesis). High-risk groups succumbing to COVID-19 include those with preexisting conditions, such as diabetes and obesity, which are also associated with microbiome abnormalities. Current pandemic control measures and practices will have broad, uneven, and potentially long-term effects for the human microbiome across the planet, given the implementation of physical separation, extensive hygiene, travel barriers, and other measures that influence overall microbial loss and inability for reinoculation. Although much remains uncertain or unknown about the virus and its consequences, implementing pandemic control practices could significantly affect the microbiome. In this Perspective, we explore many facets of COVID-19−induced societal changes and their possible effects on the microbiome, and discuss current and future challenges regarding the interplay between this pandemic and the microbiome. Recent recognition of the microbiome’s influence on human health makes it critical to consider both how the microbiome, shaped by biosocial processes, affects susceptibility to the coronavirus and, conversely, how COVID-19 disease and prevention measures may affect the microbiome. This knowledge may prove key in prevention and treatment, and long-term biological and social outcomes of this pandemic.

La pandémie de COVID-19 a le potentiel d'affecter le microbiome humain chez les individus infectés et non infectés, en ayant un impact potentiel sur la santé à long terme. Cette pandémie s’ajoute à un déclin de plusieurs décennies de la diversité microbienne et des microbes ancestraux dû à l'hygiène, aux antibiotiques et à la vie urbaine (l'hypothèse de l'hygiène). Les groupes à haut risque qui succombent au COVID-19 comprennent ceux qui souffrent de maladies préexistantes, telles que le diabète et l'obésité, qui sont également associées à des anomalies du microbiome. Les mesures et pratiques actuelles de lutte contre la pandémie auront des effets étendus, inégaux et potentiellement à long terme sur le microbiome humain à travers la planète, compte tenu de la mise en œuvre d'une séparation physique, d'une hygiène approfondie, de barrières de voyage et d'autres mesures qui influencent la perte de diversité microbienne et l'incapacité de le réinoculer. Bien que beaucoup de choses restent incertaines ou inconnues sur le virus et ses conséquences, la mise en œuvre de pratiques de lutte contre la pandémie pourrait affecter de manière significative le microbiome. Dans cette perspective, nous explorons de nombreuses facettes des changements sociétaux induits par COVID-19 et leurs effets possibles sur le microbiome, et discutons des défis actuels et futurs concernant l'interaction entre cette pandémie et le microbiome. La reconnaissance récente de l'influence du microbiome sur la santé humaine rend essentiel de considérer à la fois comment le microbiome, façonné par des processus biosociaux, affecte la sensibilité au coronavirus et, inversement, comment la maladie COVID-19 et les mesures de prévention peuvent affecter le microbiome. Ces connaissances pourraient s'avérer essentielles pour la prévention et le traitement, ainsi que pour les résultats biologiques et sociaux à long terme de cette pandémie.